SOFIX（土壌肥沃度指標）技術の開発者である立命館大学・久保幹教授を中心に発表されたSOFIX関連の学術論文、総説・雑誌等の記事、書籍、特許等をまとめました。
種類別にそれぞれ古い順番に掲載しています。
ご参考になさってください。
Ⅰ：学術論文
| 成果 年度 | 論文タイトル | 著者名 | 掲載誌名 | 巻（号） | ページ | |
| 1 | 1995 | Screening of aerobic thermophilic strains and fermentative heat generation by cultivation in rice bran medium | J. OkajimaI. Ohkura, F. Hasumi, and M. Kubo | 日本農芸化学会誌 | 69 | 1179-1181 |
| 2 | 1996 | A novel use of biomass resources | M. Kubo, F. Hasumi, K. Inouye | Bio Industry | 13 | 44-51 |
| 3 | 1998 | A novel use of biomass resources -environmental clean up with plant proteins and microorganisms | M. Kubo and F. Hasumi | Recent Res. Devel. in Agricultural & Biological Chem | 2 | 455-465 |
| 4 | 2008 | Utilization of biomass based on biorefinery: Development of novel bioactive peptides from soybean waste | Y. Matsumiya and M. Kubo | Research Trends | 4 | 83-91 |
| 5 | 2001 | Treatment of hypersaline wastewater with salt tolerance microorganisms | M. Kubo, J. Hiroe, M. Murakami, H. Fukami, and T. TachikiJ. Biosci | Bioeng | 91 | 222-224 |
| 6 | 2001 | Promotion of plant growth by soybean waste degrdation products with Streptomyces sp | MF20.N. Hasegawa, H. Akita, and M. Kubo | 立命館大学理工学研究所紀要 | 60巻 | 59-70 |
| 7 | 2002 | Promotion of plant and root growth by soybean meal degradation products | N. Hasegawa, Y. Fukumoto, M. Minoda, A. Plikomol., M. Kubo | Biotechnol. Lett | 24 | 1483-1486 |
| 8 | 2003 | Effects of D-methionine or L-methionine on root hair of Brassica rapa | N. Hasegawa, Y. Yamaji, S. Minoda, and M. Kubo J. Biotechnol | Bioeng | 95 | 419-420 |
| 9 | 2006 | Isolation and characterization of a bluegill-degrading microorganism, and analysis of the plant growth-promoting effect of the degraded products | S. Sanpa,S. Sumiyoshi, T. Kujira, Y. Matsumiya, and M. Kubo | Biosci. Biotech. Biochem | 70 | 340-347 |
| 10 | 2006 | Effect of charcoal from woody waste on the soil bacterial biomass and its plant-growth promoting effect | S. Sanpa,K. Imaki, J. Konishi, A. Shibata, Y. Matsumiya, and M. Kubo | Woody Carbonization Res | 2 | 37-42 |
| 11 | 2006 | Evaluation of soil bacterial biomass by environmental DNA extracted by slow-stirring method | H. Aoshima, A. Kimura, A. Shibutani, C. Okada, Y. Matsumiya, and M. Kubo | Appl. Microbiol. Biotechnol. | 71 | 875-880 |
| 12 | 2006 | Fats and oils-containing wastewater treatment with fats and oils-degrading microorganisms (油脂分解微生物を用いた油脂含有廃水処理) | 木村彰成、久保幹 | オレオサイエンス | 6 | 501-506 |
| 13 | 2007 | Isolation and characterization of a lipid-degrading bacterium and its application to lipid-containing wastewater treatment | Y. Matsumiya, D. Wakita, A. Kimura, S. Sanpa, and M. KuboJ. Biotechnol | Bioeng | 103 | 325-330 |
| 14 | 2007 | Effect on epidermal cell of soybean protein-degraded products and structural determination of the root hair promoting peptide | Y. Matsumiya, S. Sumiyoshi, T. Matsukura, and M. Kubo | Appl. Microbiol. Biotechnol | 77 | 37-43 |
| 15 | 2010 | 農地土壌診断－有機農法のための農地物質循環の評価－ | 松野敏英、津田治敏、 | 立命館大学理工学研究所紀要 | 68号 | 85-90 |
| 16 | 2011 | Soybean peptide: Novel plant growth promoting peptide from soybean | Y. Matsumiya and M. Kubo | In Teck, Edited by H. A. El-Shemy | 215-230 | |
| 17 | 2010 （2011） | 土壌環境中における窒素循環の新規評価法 | 津田治敏、松野敏英、 | 立命館大学理工学研究所紀要 | 69号 | 39-46 |
| 18 | 2012 | Analysis of peptide uptake and location of root hair-promoting peptide accumulation in plant roots | Y. Matsumiya, R. Taniguchi, and M. Kubo | J. Peptide Science | 18 | 177-182 |
| 19 | 2013 | Isolation and identification of phytate degrading bacteria and their contribution to phytate mineralization in soil | S. Horii, T. Matsuno, J. Tagomori, M. Mukai, D. Adhikari, and M. Kubo | J. Gen. Appl. Microbiol | 59 | 353-360 |
| 20 | 2013 | Soybean as a nitrogen supplier | Y. Matsumiya, S. Horii, T. Matsuno, and M. Kubo | In Teck, Edited by James E. Board | 49-60 | |
| 21 | 2013 | Analysis of nitrification in agricultural soil and improvement of nitrogen circulation with autotrophic ammonia-oxidizing bacteria | T. Matsuno, S. Horii, T. Sato, Y. Matsumiya, and M. Kubo | Appl. Biochem. Biotechnol | 169 | 795-809 |
| 22 | 2013 | Distribution of Hydrocarbon Degrading Bacteria in the Soil Environment and their Contribution to Bioremediation | Y. Fukuhara, S. Horii, T. Matsuno, Y. Matsumiya, M. Mukai, and M. Kubo | Appl. Biochem. Biotechnol | 170 | 329-339 |
| 23 | 2014 | Evaluation of soil fertility for plant growth based on bacterial biomass and material circulation in soil environmen | M. Kubo, S. Horii, T. Matsuno, M. Mukai, and D. Adhikari | Recent Development in Biotechnology, Fertilizer Technology II, Biofertilizer, J. N. Govil (ed.) | 147－160 | |
| 24 | 2014 | Proposal for a soil fertility index (SOFIX) for organic agriculture and construction of a SOFIX database for agricultural fields | D. Adhikari, T. Kai, M. Mukai, K. S Araki, and M. Kubo | Current Topics in Biotechnology | 8 | 81-91 |
| 25 | 2015 | Physical and biological properties of apple orchard soils of different productivities | T. Kai, M. Kukai, K. S. Araki, D. Adhikari, and M. Kubo | Open J. Soil Sci | 5 | 149-156 |
| 26 | 2015 | Development of an efficient bioremediation system for petroleum hydrocarbon contaminated soils based on hydrocarbon degrading bacteria and organic material control | D. Adhikari, K. S. Araki, M. Mukai, T. Kai, K. Kubota, T. Kawagoe, and M. Kubo | Austin J. Biotechnol. & Bioengi | 2 | 1-7 |
| 27 | 2016 | Degradation of bioplastics in soil and their degradation effects on environmental microorganisms | D. Adhikari, M. Mukai, K. Kubota, T. Kai, N. Kaneko, K. S. Araki, and M Kubo | Journal of Agricultural Chemistry and Environment | 5 | 23-24 |
| 28 | 2016 | Analysis of chemical and biological soil properties in organically and conventionally fertilized apple orchards | T. Kai, M. Mukai, K. S. Araki, D. Adhikari, and M. Kubo | Journal of Agricultural Chemistry and Environment | 5 | 92-99 |
| 29 | 2016 | Construction of soil fertile index (SOFIX) based on microorganisms and application for agriculture | M. Kubo, M. Mukai, and D. Adhikari | J. Environ. Biotechnol | 15 | 85-90 |
| 30 | 2016 | Stimulation of soil microorganisms in pesticide-contaminated soil using organic materials | D. Adhikari, I. Y. Perwire, K. S. Araki, and M. Kubo | AIMS Bioengi | 3 | 379-388 |
| 31 | 2016 | Comparison of soil properties between upland and paddy fields based on the soil fertility index (SOFIX) | K. S. Araki, I. Y. Perwira, D. Adhikari, and M. Kubo | Current Trends in Microbiology | 10 | 85-94 |
| 32 | 2017 | Construction of a new water treatment system based on material circulation | I. Y. Perwire,T. Hanashiro, L. Nimatus, D. Adhikari, K. S. Araki, M. Kubo,J. Water | Resource and Protection | 9 | 1014-1025 |
| 33 | 2017 | Soil preparation based on microorganisms –soil fertility index (SOFIX) | T. Kai, D. Adikari, and M. Kubo | Irrigation, Drainage and Rural Engi. J | 85 | 15-18 |
| 34 | 2017 | Relationship among phosphorous circulation activity, bacterial biomass, pH, and mineral concentration in agricultural soil | D. Adhikari, T. Jiang, T. Kawagoe, T. Kai, K. Kubota, K. S. Araki, and M. Kubo | Microorganisms | 5 | 79-90 |
| 35 | 2018 | Suitable soil conditions for tomato cultivation under an organic farming system | D. Adhikari, Y. Kobashi, T. Kai, T. Kawagoe, K. Kubota, K. S. Araki, and M. Kubo | Journal of Agricultural Chemistry and Environment | 7 | 117-132 |
| 36 | 2019 | Construction of organic soil based on soil fertility index (SOFIX) | M. Kubo, P. Pholkaw, Q. T. Tran, K. S. Araki | Proceedings of International Workshop on Enabling Capacity in Production and Application of Bio-pesticides and Bio-fertilizers for Soil-borne Disease Control and Organic Farming | 1-8 | |
| 37 | 2019 | Utilization of wood biomass for organic soil based on the soil fertility index (SOFIX) | P. Pholkaw, A. Muraji, K, Maeda, T. Kawagoe, K. Kubota, S. Sanpa, Q. T. Tran, and M. Kubo | Journal of Agricultural Chemistry and Environment | 8 | 224-236 |
| 38 | 2019 | Bacillus subtilisの土壌環境および植物成長に及ぼす影響解析 | 東本繰未、柴田徹、 | 立命館大学理工学研究所紀要 | 78号 | 19-35 |
| 39 | 2020 | Characterization of orchard fields based on Soil Fertility Index (SOFIX) | P. Pholkaw, Q. T. Tran, T. Kai, T. Kawagoe, K. Kubota, K. S. Araki, and M. Kubo | Journal of Agricultural Chemistry and Environment | 9(3) | 159 – 176 |
| 2020 | Chemical and Biological Properties of Apple Orchard Soils under Natural, Organic, Hybrid, and Conventional Farming Methods | Takamitsu Kai, Motoki Kubo | Journal of Agricultural Chemistry and Environment | 9(3) | 134 – 146 |
Ⅱ：雑誌・総説等
| 成果 年度 | 論文タイトル | 著者名 | 掲載誌名 | 巻 | ページ | |
| 1 | 1997 | 生物工学的環境浄化のための微生物の挙動解析 | M. Kubo | 生物工学会誌 | 75 | 202 |
| 2 | 1999 | 土壌環境と微生物－土壌微生物の解析－ | 久保幹 | 生物工学会誌 | 77 | 478 |
| 3 | 2000 | 高濃度NaCl含有廃水処理システム－特殊微生物の挙動と重要性 | M. Kubo and M. Murakami | J. Water and Waste | 42 | 738-739 |
| 4 | 2004 | 植物生長促進ペプチドを生成する起源大豆たん白質の解析 | 久保幹、山地洋平、 | 大豆たん白質研究 | 7 | 85-89 |
| 5 | 2005 | 環境遺伝子を用いた環境診断－簡便かつ高精度な環境微生物定量技術－ | 松宮芳樹、木村彰成、 | 実用産業情報 | 35 | 24-30 |
| 6 | 2006 | アミノ酸より分子の大きいペプチドの吸収で根毛がワッと出る「有機肥料は化学肥料と何かが違う」の謎に迫る | 久保幹 | 現代農業 | 10月号 | 288-292 |
| 7 | 2008 | 厄介ものブルーギルから高機能養鶏飼料へ－飼料代削減に期待－ | 松宮芳樹、久保幹 | 養鶏の友 | 10月号 | 20-23 |
| 8 | 2012 | 農地窒素循環の見える化－物質循環系を考えた土づくり－ | 松野敏英、堀井幸江、 | 土づくりとエコ農業 | ６・７月号 | 50-55 |
| 9 | 2015 | 環境保全型農業の現状とこれからの展望 | 久保幹 | 農耕と園芸 | 70 | 12-16 |
| 10 | 2016 | SOFIXでわかる畑の微生物量とＣ／Ｎ比 | 久保幹 | 現代農業 | 12月号 | 112-115 |
| 11 | 2018 | 畑が生まれ変わる理想の堆肥 | 久保幹（監修） | やさい畑 | 秋号 | 8-29 |
| 12 | 2019 | 土壌燻蒸で激減する畑の「菌力」 | 久保幹 | 現代農業 | 10月号 | 74-77 |
Ⅲ：書籍
| 成果 年度 | 書籍名 | 著者名 | 出版社 | 巻 （号） | ページ | |
| 1 | 2012 | 環境微生物学 | 久保幹、森崎久雄、 | 化学同人 | ||
| 2 | 2013 | バイオテクノロジー第2版大学教育出版、（2013） | 久保幹、新川英典、 | 大学教育出版 | ||
| 3 | 2013 | 遺伝子とタンパク質のバイオサイエンス | 杉山政則、久保幹、 熊谷孝則 | 共立出版 | ||
| 4 | 2013 | 有機農業における新たな土壌診断の可能性（土壌肥沃度指標：SOFIX）） | 久保幹 | 野菜情報、 （独）農畜産推進機構 | 111 | 2-3 |
| 5 | 2013 | 有機農業のための畑の診断指標SOFIX | 久保幹 | 現代農業 | 10月号 | 252－255 |
| 6 | 2017 | 土壌づくりのサイエンス | 久保幹 | 成文堂新光社 | ||
| 7 | 2019 | 極限環境生物の産業展開 | シーエムシー出版 （普及版） | |||
| 8 | 2020 | 最新農業技術 土壌施肥 | 農文協 | vol. 12 |
Ⅳ：特許
| 成果 年度 | 特許番号等 | 発明者 | 発明の名称 | |
| 1 | 2002 | 特許第3366962号 | 久保幹、廣江淳一、村上誠、深海浩 | 耐塩性バチルス・セレウスCH-6菌および高塩濃度廃液の処理方法 |
| 2 | 2002 | 特許第3322277号 | 久保幹、雨宮博、岡島壽一、蓮実文彦 | バチルス・サーキュランス新規菌株 |
| 3 | 2002 | 特許第3431611号 | 久保幹、雨宮博、岡島壽一、蓮実文彦 | バチルス・ステアロサーモフィルス新規菌株およびこれを用いた大豆粕由来の植物成長肥料 |
| 4 | 2004 | 特許第3577485号 | 久保幹，雨宮博，岡島壽一、蓮実文彦 | バチルス・サーキュランス新規菌を用いた大豆粕由来植物成長肥料 |
| 5 | 2009 | 国際特許出願 PCT出願番号 PCT／JP2010／54892 | 久保田謙三、石森洋行、松宮芳樹、 | 新規土壌診断方法 |
| 6 | 2010 | アメリカ出願番号 13/256,757 | 久保田謙三、石森洋行、松宮芳樹、 深川良一、久保幹、門倉伸行、金森章雄 | 新規土壌診断方法 |
| 7 | 2010 | オーストラリア 出願番号 2010225633 | 久保田謙三、石森洋行、松宮芳樹、 深川良一、久保幹、門倉伸行、金森章雄 | 新規土壌診断方法 |
| 8 | 2010 | 特許第4635520号 | 住吉 紗世子、松倉 琢磨 、山地 洋平、 原口 太和、平野 聡子、久保 幹 | 植物成長促進剤 |
| 9 | 2010 | 特許第4646571号 | 平野聡子、久保幹、箕田正史 | 不定根形成促進剤 |
| 10 | 2011 | 特許第4688471号 | 久保幹、箕田正史 | 新規生理活性ペプチド |
| 11 | 2013 | 特許第5219390号 | 崎濱由梨、畑山耕太、伊藤浩司、 馬淵信行、久保幹 | 微生物培養用培地及び微生物製剤 |
| 12 | 2013 | 特許第5578525号 | 久保田健三、石森洋行、松宮芳樹、 深川良一、久保幹、門倉伸行、金森章雄 | 新規土壌診断方法 |
| 13 | 2014 | 特許第5068277号 | 久保幹、久保田健三、石森洋行、 松宮芳樹、深川良一、門倉伸行、金森章雄 | バイオオーグメンテーションにおける環境評価方法 |
| 14 | 2015 | 特許第5674258号 | 久保幹、松宮芳樹、松山高広 | 家禽用生育促進剤及びそれを含有する家禽用飼料 |
| 15 | 2017 | 特許6238238号 | 久保幹、篠崎彰大、平井敏治、 向真樹、Dinesh Adhikai | 水浄化処理装置及び水浄化処理方法 |
